办公室：负责处理机关日常政务，起草、审核有关综合性的文件和报告；负责秘书事务、文电处理、文书档案、政务信息、社会治安综合治理工作，负责本单位财务情况承担局后勤服务工作；负责管理全局干部人事工作、教育培训工作、执法检查工作、党风廉政建设。

    综合业务科：负责全局各项检查的计划分配以及信息化方面的管理工作。

    审理科：负责已查案件的审理工作、重大税务案件的呈报工作及政策法规工作。

    执行科：负责全局税收计划分配及查结案件的税款等执行工作。

    检查分局：负责各类案件的查处工作。